Buenos días.
Cuando hablamos de dependencia orgánica estamos haciendo referencia al órgano del cual se depende a efectos de organización. Es la situación de ese órgano en concreto dentro de una estructura. Ahora bien, dependencia funcional es quién da las órdenes a efectos de las funciones que tiene que llevar a cabo.
Por ejemplo, en el art. 7.3 del Decreto 226/2020, de 29 de diciembre se dice lo siguiente:
[i]Las Delegaciones del Gobierno de la Junta de Andalucía dependerán orgánicamente de la Consejería a la que se encuentren adscritas, y funcionalmente de la Consejería o Consejerías competentes por razón de la materia cuyos servicios periféricos tenga asignados.[/i]
Lo cual quiere decir que, las Delegaciones de Gobierno dependen ORGÁNICAMENTE de la Consejería a la cual están adscritas, por ejemplo, la Consejería de la Presidencia, Administración Pública e Interior, y, FUNCIONALMENTE va a depender de aquella Consejería en función de la materia asignada.
Un saludo, ¡feliz día!