Buenas, en grandes rasgos es lo mismo pero para que se vea un poquito más facil, un permiso ej. de x días para asùntos propios te los podrías denegar (temporalmente) y sin embargo una licencia ej. de 15 días de matrimonio, no se podría ni denegar ni posponer.
La diferencia radia en la Ley de Funcionarios Civiles del Estado del 56, actualmente se refiere a los mismos conceptos, con estas pequeñas matizaciones, pero principalmente solo en la forma.