Buenos días, guari1982.
La pregunta que has planteado es muy interesante puesto que lleva a confusión. Bien, debes de tener en cuenta que la justificación a la que hace referencia el Reglamento de Tesorería en su artículo 45 constituye la obligación del perceptor de justificar la inversión en un plazo de tres meses.
Por otra parte, la Instrucción 3/1995, sobre contabilización de la justificación de libramientos dispone en su regla décima que la fecha límite de justificación se seleccionará entre tres o seis meses, según la normativa aplicable. Lo que nos dice esta regla es el plazo para contabilizar los documentos de justificación.
Por lo tanto, el plazo de tres meses es para justificar; el situado entre tres o seis, para contabilizar.
Espero haber resuelto tu duda.
Saludos y feliz semana.