Hola Mariasun,
voy a intentar aclarártelo
un funcionario de la AGE mediante concurso, libre designación o reasignación de efectivos ocupa un puesto de trabajo de una Comunidad Autónoma, este funcionario queda en situación de Servicio en Comunidades Autónomas.
Ahora imaginemos que el Estado transfiere a una Comunidad Autónoma cualquier competencia (por ejemplo el servicio del empleo que hasta ahora era competencia del INEM), los funcionarios de ese servicio son igualmente transferidos a la Comunidad Autónoma (es lo que les ha ocurrido a los funcionarios del Estado que eligieron pertenecer al Servicio Andaluz de Empleo, S.A.E.)
Espero haberte ayudado, un saludo