Buenas tardes, Anabel.
No debemos confundir los órganos directivos de cada Ministerio (Subsecretarías, Secretarías Generales, Direcciones Generales, etc.) con las Agencias Estatales. Éstas se adscriben a un Ministerio a los únicos efectos de desarrollar su actividad.
El hecho de que la Secretaría General para la Administración Pública no exista en el organigrama actual del Ministerio de Hacienda y Administraciones Públicas no quiere decir que sea la Agencia Estatal de Políticas Públicas la misma. Son organismos distintos.
Lo mismo sucede con los Ministerios de la Presidencia y de Hacienda y AA.PP. Son dos Ministerios Distintos. De hecho, a efectos prácticos, son Dña. Soraya Sáez y D. Cristóbal Montoro los titulares respectivos.
Espero haber resuelto tus dudas.