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Hola Andy!
Voy a intentar ayudarte en tu 1ª cuestión.
Ambas son correctas, pero según a que disposiciones se refieran. Verás:
-En el caso de Decisiones firmes de las C.G. o CC.AA., el plazo para interponerlo será de 3 meses desde que sean firmes, pero…
-En el caso de Disposiciones, actos jurídicos, órganos ejecutivos colegiados de las CC.AA., una vez agotada la vía Judicial, el plazo para interponer el Recurso, será de 20 días, a partir de la notificación de la resolución en el previo proceso Judicial.
Por lo que, en este caso, y según la interpretación de la pregunta, el plazo para interponer el recurso de amparo será de 20 días.

Respecto a la segunda pregunta, el Centro de Información Administrativa se ordena jerárquicamente debajo de la Subdirección General de Innovación y Programas de Atención al ciudadano, éste, a su vez depende directamente de la Dirección General para el impulso de la Admón electrónica. Si esta última está por debajo de la Secretaría de Estado para la Función Pública, podemos decir que efectivamente, el Centro de Información Admtva. depende del Ministerio de la Presidencia.
O al menos así lo tengo entendido.
Un saludo.