Hola Noelia, tu razonamiento es acertado, hay que ir al artículo 24 de la Ley 39/2015, que regula el silencio administrativo en procedimientos iniciados a solicitud del interesado.
En el apartado 1 segundo párrafo, dice, el silencio tendrá efecto desestimatorio entre otros procedimientos que menciona, los que impliquen el ejercicio de actividades que puedan dañar el medio ambiente.
Es ahí donde tenemos la solución.
un saludo.