Buenos días,
En primer lugar debemos traer a colación lo dispuesto en el art. 30.2 de la Ley 39/2015:
“2. Siempre que por Ley o en el Derecho de la Unión Europea no se exprese otro cómputo, cuando los plazos se señalen por días, se entiende que éstos son hábiles, excluyéndose del cómputo los sábados, los domingos y los declarados festivos.
Cuando los plazos se hayan señalado por días naturales por declararlo así una ley o por el Derecho de la Unión Europea, se hará constar esta circunstancia en las correspondientes notificaciones.”
Por lo tanto, en Derecho Administrativo debemos partir de la regla general que, salvo que una norma con rango de Ley o el Derecho de la UE establezcan otra cosa, el cómputo de días serán hábiles.
De esta manera, los únicos casos en los que el cómputo será por días naturales será cuando una Ley específica así lo determine, casos que son muy residuales en comparación con las normativas que se rigen por la regla general del cómputo de días hábiles. Ej. La Ley de Contratos del Sector Público.

Saludos.