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Buenos días,
Como ya sabemos, la CE establece en el artículo 149.1.5, que el ESTADO es el que tiene competencia exclusiva en materia de justicia.
A su vez, dice el artículo 150.2 CE: El Estado podrá transferir o delegar en las Comunidades Autónomas, mediante ley orgánica, facultades correspondientes a materia de titularidad estatal que por su propia naturaleza sean susceptibles de transferencia o delegación.

Por tanto, habrá CC.AA que tengan competencias en materia de justicia porque así se lo ha transferido el Estado.
Pongamos un ejemplo: nuestras oposiciones.
-Andalucía, Cataluña, Islas Canarias, Madrid… todas ellas tienen traspasos en materia de justicia por eso puedes presentarte en esas CCAA al examen y optar por trabajar en ese territorio.
-Extremadura, Murcia… éstas no tienen traspasos en materia de Justicia por parte del Estado, y si quisieras hacer el examen y optar por trabajar en ese territorio, tendrías que hacerlo a través del “Ministerio de Justicia” que es quien tiene la competencia exclusiva.

Para saber que CCAA tienen traspasos en materia de Justicia (o en otra materia) tendría que ir a sus Estatutos de Autonomía y ver que materias han sido objeto de traspaso por parte del Estado.

De esta manera y en cuanto a tu pregunta:
Dice el artículo 1 del Real Decreto 296/1996, de 23 de febrero, por el que se aprueba el Reglamento Orgánico del Cuerpo de Médicos Forenses.
Los médicos forenses constituyen un Cuerpo Nacional de titulados superiores al servicio de la Administración de Justicia, [b]adscrito orgánicamente al Ministerio de Justicia e Interior. Dependerán de este Ministerio o de las Comunidades Autónomas[/b], en los términos establecidos en este Reglamento.
Por tanto, si dependen del Ministerio de Justicia: el escrito irá dirigido al Ministerio de Justicia.
Si la CCAA tiene traspaso en materia de justicia: la solicitud se hará a través del órgano competente de la Comunidad Autónoma.