Hola!!
Respecto a tu duda, nadie sustituye al Secretario, sino al Juez. Lo tienes en los arts. 353, segundo párrado de LECrim, y 778.6.
Para el primer caso, el juez delegará en un funcionario de Policía judicial, para el caso de la autopsia; y para el segundo, el juez puede autorizar al médico forense para que asista en su lugar al levantamiento del cadáver.
Saluditos.
