Hola, Ana:
Puede ser que al solicitar medidas cautelares por ser un momento inicial todavía no haya dado tiempo a que se persone la parte demandada, pero como es lógico esto no puede impedir que se tramite el incidente cautelar, de ahí que la ley diga que se sustanciará con el órgano autor de la actividad impugnada.
La administración demandada podría ser, por ejemplo, la administración del Estado. Pero dentro de ella hay muchos órganos, por ejemplo el órgano autor de la actividad impugnada podría ser un ministro, o secretario de Estado, etc.
Un saludo