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En cuanto a que el Presidente de la Audiencia Nacional es el presidente nato de todas sus salas: es un valor simbólico que se le atribuye al Presidente de la Audiencia Nacional por el mero hecho de serlo. Es el Presidente Nato de todas sus salas[u] pero cada sala, a su vez, tendrá su correspondiente Presidente.[/u]
En este enlace varios compañeros hablan sobre el tema, échale un vistazo.
https://www.opositas.com/foro/2-administracion-de-justicia-auxilio-judicial-tramitacion-pa-y-gestion-pa/1252-lopj-63.html

En cuanto a la recusación del artículo 69; ten en cuenta que si el recusado es uno de los miembros integrantes de dicha sala especial, sería sustituido por su correspondiente sustituto.

Por otro lado, en cuanto a la instrucción y resolución del incidente de recusación, estaremos a lo que dispone los siguientes artículos de la LOPJ:
[b]Artículo 224.[/b]
1. Instruirán los incidentes de recusación:
1.º Cuando el recusado sea el Presidente o un Magistrado del Tribunal Supremo, de la Audiencia Nacional o de un Tribunal Superior de Justicia, un magistrado de la Sala a la que pertenezca el recusado designado en virtud de un turno establecido por orden de antigüedad.
[b]Artículo 227.[/b]
Decidirán los incidentes de recusación:
3.º La Sala prevista en el artículo 69 cuando el recusado sea el Presidente de la Audiencia Nacional, Presidentes de Sala o más de dos magistrados de una Sala.
[b]Artículo 69.[/b]
Una Sala formada por el Presidente de la Audiencia Nacional, los Presidentes de las Salas y el Magistrado más antiguo y el más moderno de cada una, o aquel que, respectivamente, le sustituya, conocerá de los incidentes de recusación del Presidente, de los Presidentes de Sala o de más de dos Magistrados de una Sala.