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Creo que el Artículo 563 LECR te lo aclara, no es necesario que el juez que instruye la causa esté presente, pero en la diligencia en que lo ordene si deberá concretar quién la practicará

“Si el edificio o lugar cerrado estuviere en el territorio propio del Juez instructor, podrá encomendar la entrada y registro al Juez municipal del territorio en que el edificio o lugar cerrado radiquen, o a cualquier Autoridad o agente de Policía judicial. Si el que lo hubiese ordenado fuere el Juez municipal, podrá encomendarlo también a dichas Autoridades o agentes de Policía judicial.

Cuando el edificio o lugar cerrado estuviere fuera del territorio del Juez, encomendará éste la práctica de las operaciones al Juez de su propia categoría del territorio en que aquéllos radiquen, el cual, a su vez, podrá encomendarlas a las Autoridades o agentes de Policía judicial”

Buenas noches.

Según lo dispuesto el artículo 572 se expresará en la diligencia el juez que la practique (entendiéndose por ello quien la realice, es decir que esté presente) o bien su delegado.
En cuanto a qué juez , puede ser que el propio juez que la ordene decida estar presente, en este caso será este juez quien se anote en la diligencia, en otras ocasiones podrá delegar su práctica en otro juez, por ejemplo un juez de paz, pues en este caso será a éste a quién se anote en la diligencia.
Se anotará uno u otro juez dependiendo de las circunstancias concretas del caso, ya que no es obligatorio que el juez esté presente en la diligencia de entrada y registro, pero eso no quita que si voluntariamente quiere estar presente acuda a la misma.

Saludos.