Buenos días, inmaorts.
Si un órgano conoce en primera instancia de un asunto significa que conoce “por primera vez” y que además cabe recurso de apelación contra la resolución que dicte.
En cambio, si un órgano conoce en única instancia, significa que conoce por primera y única vez, y no cabrá recurso de apelación contra esa resolución. Podrían caber otros recursos como el de casación, pero este tipo de recursos no se consideran una segunda instancia, porque son recursos extraordinarios en los que la persona que recurre no puede alegar cualquier motivo por el que se considere perjudicado por la decisión, sino sólo expresamente los motivos que dice la ley.
Espero que esto aclare tu duda.
Un saludo