Hola Anlli, vamos con esas dudas:
La L.O 6/85 de del Poder Judicial es de 1 de julio. Por aquel entonces estaban en funcionamiento los Juzgados Centrales de Instrucción; el resto de “Centrales” se crearon después de la entrada en vigor de referida Ley Orgánica
Es por ello que el precepto que indicas (106.1) sólo habla de los Centrales de Instrucción pero si nos preguntaran sobre ello responderemos la Sala de Gobierno de la Audiencia Nacional. Así lo tenemos explicado en una tutorial sobre Salas de Gobierno que tienes en campus opositas a tu disposición
En cualquier caso creo que se queda ventilado ¿verdad?
Saludos y como siempre gracias por tu participación en el foro de Opositas, que sabes es tu casa!