Como bien dices, los peritos sólo podrán ser recusados si la prueba pericial no puede practicarse en el acto mismo del juicio oral.
En penal hay que tener en cuenta que las pruebas sólo tendrán validez si se practican en el acto del juicio, con la excepcion de la prueba anticipada o reconstituida, por eso, no te se decir que ejemplo de prueba pericial se puede realizar de nuevo en el juicio oral, pero si las que no, puesto que el ejemplo típico son las pruebas de alcoholemia, que puesto que no se pueden repetir, sólo son validas si los agentes que la realizaron lo ratifcan en el juicio, es decir, si no van a ratificarlo la prueba no vale.
En cuanto al nombramiento de los peritos, si los nombra en juez, la LECR no dice nada respecto de la forma de hacerlo, pero supongo que se aplicará supletoriamente lo establecido en la LEC.