Hola crisgaia, verás en 2021 como bien sabes a través de la Ley 40/2015 se han recuperado las Agencias Estatales, en cuanto a su clasificación en un sector público u otro en materia presupuestaria, tenemos que tener en cuenta que las agencias están consideradas como organismos públicos, yo las incluiría en el artículo 3.1b) de la Ley 47/2003 y por lo tanto tendríamos que analizar cada caso en concreto atendiendo a su Ley de creación.
un saludo.