Buenos días Alba
En cuanto al [b]art. 494.2 de la LOPJ[/b] es suficiente con estudiar lo que éste señala, tal cual, no te van a pregunta que órganos son, porque la LOPJ no lo señala.
No obstante, para responder tu duda, para jubilación por ejemplo, sería el Consejo General del Poder Judicial, si el funcionario pertenece a la Carrera Judicial sería el Secretario de Estado de Justicia, si el funcionario pertenece a la Carrera Fiscal, al de Letrados de la Administración de Justicia o a cualquier otro Cuerpo o Escala de la Administración de Justicia.
Un saludo.