HOla!!
En este caso entiendo que te refieres a la “diferencia semántica” entre Ministerio y Ministro ¿cierto?,,,, en cuanto a los titulares
Efectivamente es el Órgano (Ministerio de Justicia) y a su cabeza el Ministro quien pronuncia ese nombramiento y ello sin perjuicio de las posibilidades de delegación de competencias o delegación de firma establecidas en las Leyes Administrativas
Saludos!