Hola, yo tampoco tengo muy claro el tema de la dependencia de Secretarios Judiciales y de funcionarios (y creo que las Asociaciones de Secretarios tampoco).
Hay 3 tipos de dependencia: la funcional, orgánica, y jerárquica.
En el caso de los Secretarios Judiciales, según el art. 439.4 LOPJ, dependen funcionalmente del Ministerio de Justicia o de las comunidades autónomas con competencias asumidas en sus respectivos ámbitos. Jerárquicamente del Secretario de Gobierno y Secretario Coordinador Provincial, y orgánicamente ¿? entiendo que del Ministerio de Justicia exclusivamente.
Los funcionarios dependen funcionalmente del Secretario Judicial (¿) y orgánicamente del Ministerio de Justicia o de las comunidades autónomas con competencias asumidas en sus respectivos ámbitos (439.4 LOPJ). La dependencia jeráquica es más dudosa con la Nueva Oficina Judicial.
Saludos,