Hola Cleme, intentaré ayudarte, sin que eso suponga ser experto en las leyes que comentas.
Efectivamente, conforme a lo establecido en el art. 2 de la Ley 50/97, del Gobierno, corresponde a su Presidente
[i]Resolver los conflictos de atribuciones que puedan surgir entre los diferentes Ministerios[/i]
De ahí que la Ley 29/98, que regula la Jurisdicción Contencioso administrativa, la excluya de este ámbito.
Saludos y espero haber atendido tu duda,,, siempre salvo mejor opinión.