Hola, la Sala Especial del Tribunal Supremo conocera, entre otros asuntos, de la recusación contra el propio Presidente y lo mismo ocurre con la Audiencia Nacional, y en estos casos los afectados por la recusación serán sustituidos por quienes correspondan.
Respecto a lo de presidente nato, supongo que quiere decir que por ser Presidente de la Audiencia Nacional, implica que se es también Presidente de todas sus Salas, mientras ocupe dicha Presidencia.
Espero haber aclarado algo más vuestras dudas.
Saludos y animo. 🙂