Hola Lourdes, aunque algo tarde respondo a la duda que expones en el foro.
Me permito transcribir parte de la exposición de motivos del Real Decreto 937/2003 que rige esta materia
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En cuanto a la mecánica de funcionamiento, ha de tenerse en cuenta que el Real Decreto se va aplicar tanto al gran número de documentos en los que han transcurrido los respectivos plazos de caducidad o de prescripción, que ocupan un espacio enorme en las sedes judiciales, como a las actuaciones en marcha a su entrada en vigor o las que se inicien en el futuro. Lo anterior, unido al hecho de que va a aplicarse en todos los órdenes jurisdiccionales, motiva que la redacción de las disposiciones sea necesariamente amplia, a fin de dar cabida a todos los supuestos que se dan en la práctica judicial.

En los archivos de gestión se custodian los documentos mientras permanezcan vivos, lo cual se plasma en el artículo 5.1, que dispone que en ellos deben conservarse los documentos judiciales si están pendientes de resolución o de finalizar la ejecución ya instada.

En caso contrario, se contempla un doble supuesto:

Que proceda su expurgo -artículos 5.2, párrafos primero y tercero, in fine, y 15.1- por haberse ejecutado definitivamente o por haber transcurrido los plazos de caducidad o prescripción. En estos supuestos, carece de sentido remitirlos al archivo territorial, por lo que se eleva una relación de todos ellos a la Junta de Expurgo, previa resolución del titular del órgano por la que se declara el transcurso de los plazos. Esta previsión se aplicará a la ingente cantidad de documentación judicial almacenada en las sedes a la entrada en vigor del Real Decreto.

Que proceda su remisión al archivo territorial, distinguiéndose, a su vez, entre dos supuestos:

En primer lugar, aquellos asuntos que se encuentren paralizados, no por inactividad judicial, sino por imposibilidad de continuar la tramitación -artículo 5.2, párrafo primero-. Transcurridos cinco años desde la incoación se remiten al archivo territorial. Este es el caso de las denuncias por delitos sin autor conocido en el orden jurisdiccional penal. Habida cuenta que no ha prescrito el delito, no pueden remitirse a la Junta de Expurgo; en caso contrario, si ha prescrito, debe procederse a su remisión a la Junta de Expurgo, conforme a las reglas ya analizadas. A tal efecto, debe considerarse que cinco años es un plazo más que prudencial, más allá del cual no es previsible la reapertura de las actuaciones, sin perjuicio de que, evidentemente, si ésta se produjera, no habrá más que reclamar la documentación al archivo territorial. Esta previsión tiene como fin fundamental incrementar la disponibilidad espacial de los órganos judiciales.

Precisamente para mejorar la disponibilidad espacial, se prevé en el artículo 5.2, párrafo segundo, un plazo de custodia inferior cuando la disponibilidad espacial del órgano judicial no permita albergar durante cinco años este tipo de documentación judicial.
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Como ves, sí que se permite la remisión al archivo territorial, sin que sea posible remitirlo a la Junta de Expurgo, salvo que el delito haya prescrito.

Saludos