Hola Gabrie.
El art. 11 se refiere por ejemplo cuando un juez de instrucción está empezando a instruir una causa y en ella intervienen tanto personas aforadas y otras que no lo son, pues entonces es competente el juez de instrucción, pero solamente para instruir las primeras diligencias, una vez terminadas éstas, remitirá la causa al tribunal que corresponda conocer según el tipo de aforado que tengamos para que termine de instruir.
Respecto al art. 272, se refiere que cuando una persona quiere interponer una querella contra una persona aforada, tendrá que interponerla ante el tribunal competente para conocer de la causa en función de la persona aforada.
Por tanto, yo creo si no estoy equivocada, que en el primer caso se refiere cuando el juez de instrucción está empezando a instruir la causa porque haya sido el primero que ha tenido noticia del delito por ejemplo, mientras que en el segundo caso se refiere a que el procedimiento se inicia a instancia de parte, por tanto, tendrá que acudir al tribunal competente.
Yo creo que por jurisdicción ordinaria, en este supuesto (dada la obsoleta redacción de la LECr) se refiere a la jurisdicción penal, y en concreto a los juzgados de instrucción.
Bueno, no sé si me he liado un poco, y con lo mismo te he confundido aún más. Espero que no. A ver si Bg lo confirma, o lo explica más detalladamente.
Saludos.